Você já conferiu se nenhum erro aparece no próprio DOOM Builder?
Vai em Tools-> Find Map Errors (ou só aperta F4)
Caso ele não ache nenhum erro, tenta rodar em uma outra engine qualquer se possível. Se não for possível ou se ele rodar perfeitamente em tudo menos no Doomsday, posta aqui o log e um link pro wad: http://forums.newdoom.com/forumdisplay.php?f=80
(Claro que antes de tudo isso eu imagino que você já tentou baixar a última versão 1.9.0 e reinstalou)
Jogando atualmente:
Xbox 360: Ninja Gaiden Black
Xbox One: Need for Speed: Hot Pursuit, Yakuza 3
PlayStation 2: Fatal Frame 3: The Tormented
PlayStation 3: RE: The Darkside Chronicles, RE: The Umbrella Chronicles
Nintendo Switch: Phantasy Star, SIFU